Fakultas Ilmu Teologi berdiri sejalan dengan keluarnya Perpres No 10 Tahun 2018 tentang pendirian Institut Agama Kristen Negeri Tarutung sebagai perubahan bentuk dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Tarutung. Ada 3 Fakultas yang berdiri seiring dengan berubah bentuknya Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri menjadi Institut Agama Kristen Negeri Tarutung yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen, Fakultas Ilmu Teologi, dan Fakultas Ilmu Sosial Humaniora Kristen.